При таком подходе в первой стадии охлаждения температуру сгустка снижают от 35-45 °С примерно до 20 °С (перед добавлением вкусовых добавок и розливом). Вторая стадия охлаждения проводится в холодильной камере, где йогурт охлаждается до температуры ниже 10 °С. Таким образом, конечное охлаждение йогурта происходит
в таре для розничной продажи, и, поскольку сгусток остается неповрежденным, через 1-2 суток хранения консистенция йогурта улучшается. 

Подобный способ охлаждения широко используется в промышленности для получения качественных вязких йогуртов. Влияние скорости охлаждения на физические характеристики перемешанного йогурта оценивались Датским исследовательским институтом молочной промышленности, который дал следующие рекомендации:
• качество перемешанного йогурта значительно улучшается при расфасовке его при 24 °С с последующим конечным охлаждением продукта в потребительской таре;
• для достижения максимального воздействия на качество йогурта вторая стадия охлаждения должна выполняться как можно (медленнее в течение 12 ч;
• концентрирование молока (выпариванием с удалением 10% воды) фактор, в наибольшей степени улучшающий качество йогурта;

рекомендуется следующая процедура: а) до начала охлаждения йогурт перемешивается в резервуаре для сквашивания до достижения гомогенности смеси; б) йогурт охлаждается (первичное охлаждение) до 24 °С и расфасовывается; в) расфасованный йогурт охлаждается в холодильной камере с двухступенчатым регулятором температуры (т. е. первые 5 -6 ч при температуре воздуха 7-10 °С, а затем — при температуре воздуха 1-2 °С в течение оставшегося времени охлаждения); г) для достижения равномерного охлаждения расфасованного йогурта рекомендуется принудительная циркуляция воздуха в холодильной камере и д) на скорость охлаждения упакованного йогурта могут влиять конструкция тары и материалы, используемые для упаковки. 

Похоже, однако, что до сих пор эти рекомендации не очень широко использовались в промышленности. Обычно на крупных производствах расфасованный йогурт подвергают относительно резкому охлаждению в туннельном охладителе до его помещения в холодильную камеру для хранения [139]. В работе [931] описывается многостадийный процесс охлаждения йогурта, включающий следующие основные этапы:
• быстрое охлаждение от 42 °С до 30 °С;
• этап дисгенезиса (вырождения) от 30 °С до 20 °С;
• «немолочный» этап до 14,5 °С;
• этап выдержки при 2-4 °С
Данный метод можно рассматривать как некоторую модификацию системы, описанной в работе [139], однако если не объединить некоторые стадии до фасовки продукта, его трудно адаптировать к промышленным условиям.
Кроме того, следует отметить, что охлаждение йогурта начинается при относительно высоком значении рН, и поэтому скорость охлаждения (медленное или быстрое) определяет конечную кислотность продукта, влияя на структуру молочного геля. Очень быстрое охлаждение может вести к отделению сыворотки — возможно, из-за слишком быстрого сжатия белковой матрицы, которое в свою очередь влияет на гидрофильные свойства [733].