Расщепление лактозы микроорганизмами S.thermophilus и L.delbrueckii подвида bulgaricus, L.acidophilus и бифидобактериями ведет в основном к образованию молочной кислоты или молочной и уксусной кислот при использовании бифидобактерий в составе закваски. Несмотря на то, что процесс преобразования лактозы состоит из множества различных биохимических реакций, упрощенно он может быть описан с помощью следующего уравнения:

Лактоза (C₁₂H₂₂O₁₁) + Вода (H₂O) -> Молочная кислота (4C₃H₆O₃)

Молочная кислота важна при производстве йогурта по следующим причинам. Во-первых, она способствует дестабилизации казеиновых мицелл, отщепляя от казеинаткальцийфосфатного комплекса фосфат кальция, который диффундирует в водную фазу молока. Это приводит к постепенному снижению содержания кальция в мицелле, что вызывает коагуляцию казеина при рН 4,6-4,7 и образование геля (дополнительная информация содержится в главе 2). При этом образуется растворимый лактат кальция, и реакция дестабилизации может быть описана
следующим образом:

Са-казеинатфосфатный + Молочная кислота —> Казеиновый комплекс + Са-лактат + Са-фосфат

Во-вторых, молочная кислота придает йогурту его характерный специфический вкус. Она может также улучшить или обогатить аромат продукта. Молочнокислые бактерии продуцируют фермент лактатдегидрогеназу (ЛДГ), необходимый для образования лактата из пирувата. Слово «лактат» происходит от латинского слова, обозначающего молочную кислоту полученную из молока. При этом могут образовываться различные изомерные формы молочной кислоты, отличающиеся расположением гидроксильной группы у второго атома углерода.