Производство йогурта в настоящее время более централизовано, чем в прошлом, и поскольку успех напрямую зависит от применяемой технологии, тщательная селекция, сохранение и последующее культивирование микрофлоры закваски помогает достичь стандартного качества в конечном продукте и поддерживать его на должном уровне.

Обычно для йогурта используют культуры двух видов S.thermophilus и L.delbrueckii подвида bulgaricus. Эти микроорганизмы, как правило, культивируют вместе, называя заквасками со смешанными штаммами или смешанной культурой. Микроорганизмы культуры в небольшом количестве сохраняют в качестве запасной (музейной) культуры, которые впоследствии активизируют для использования в молочном производстве. Для получения требуемого объема используют определенную систему пересадок. Например, если ежедневное производство йогурта составляет 25 ООО л, а объем для заквашивания — 2 мл/100 мл, то количество необходимой
закваски составляет 500 л. 

Активизацию исходной заквасочной культуры и приготовление лабораторной закваски проводят в микробиологической лаборатории, а пересадочную и производственную закваски готовят в заквасочном отделении молочного предприятия. 

Активная производственная закваска должна иметь следующие характеристики:
• максимальное количество жизнеспособных клеток;
• отсутствие любых загрязнителей, например, коли-форм, дрожжей или плесеней;
• сохранение активности при культивировании в молоке в процессе производства йогурта, а следовательно, и при промежуточных пересадках крайне важно.

Лабораторную и пересадочную закваски готовят на стерильном молоке и 1 стерильных условиях. Активность их можно поддерживать с помощью одного из следующих приемов:
• во-первых, снижая метаболическую активность микроорганизмов или управляя ею путем обычного охлаждения — этот подход применяется для кратковременного хранения закваски (до недели);
• во-вторых, концентрированием и отделением микроорганизмов от продуктов их жизнедеятельности, с последующим формированием суспензии в стерильной среде и, наконец, сохранением сушкой или замораживанием.

Сухие и замороженные формы используются для длительного хранения закваски; такие культуры могут быть получены из коллекций музейных культур, имеющихся в исследовательских организациях молочного профиля, в колледжах, в банках культур, или от изготовителей промышленной закваски.