Биологическими факторами, влияющими на жизнедеятельность микроорганизмов, являются все формы взаимоотношений между различными видами организмов в природных, а также в производственных условиях. К этим факторам относятся явления симбиоза, метабиоза, антагонизма и паразитизма.

Симбиоз — это форма совместного существования организмов разных видов, приносящих пользу друг другу. Например, при брожении теста молочнокислые бактерии используют витамин В2, выделяемый дрожжами во внешнюю среду, и образуют, молочную кислоту, которая создает кислую реакцию среды, благоприятную для развития дрожжей.

Метабиоз — это взаимоотношение между микроорганизмами, при котором жизнедеятельность одних способствует развитию других. Примером могут служить аэробные микроорганизмы, которые, поглощая кислород, создают условия для развития анаэробных.

Антагонизм (борьба) — это процесс, вызывающий угнетение одних микроорганизмов продуктами жизнедеятельности других. При этом микроорганизмы могут вырабатывать ядовитые продукты обмена для подавления жизнедеятельности другой микрофлоры, образуя специальные вещества — антибиотики. Антибиотики обладают способностью убивать определенные группы микроорганизмов, т. е. оказывать бактерицидное действие, либо препятствовать их развитию, т. е. оказывать бактериостатическое действие. Например, молочнокислые бактерии при брожении теста образуют молочную кислоту, которая подавляет жизнедеятельность других микроорганизмов. На явлении антагонизма основано использование лекарственных антибиотиков — пенициллина, стрептомицина и др. — для лечения пневмонии, туберкулеза и других заболеваний, вызываемых микроорганизмами.

Паразитизм — это форма взаимоотношений между организмами различных видов, при которой один организм (паразит) использует клетку другого организма-хозяина в качестве среды обитания и источника питания, нанося ему вред, например бактериофаги и вирусы. Паразитами являются и возбудители инфекционных болезней. Они проникают внутрь живого организма (растения, человека, животного) и развиваются в нем.