Вода является благоприятной средой для жизнедеятельности микроорганизмов. Микроорганизмы попадают в водоемы с различными стоками с поверхности почвы, из воздуха и т. д. Количество микроорганизмов в воде зависит от ее происхождения. Больше всего микроорганизмов в поверхностных водах; в воде из артезианских скважин микроорганизмов незначительное количество, так как, проходя через слои почвы, они задерживаются. В проточных водах количество и состав микроорганизмов зависят от местонахождения на их берегах населенных пунктов и предприятий. В непроточных водах больше всего микроорганизмов на дне, так как там оседают органические остатки растений и животных и создается благоприятная питательная среда для развития микробов.

Вода является очень опасным источником распространения патогенных микроорганизмов, особенно во время эпидемий холеры, брюшного тифа, дизентерии и других кишечных инфекций.

Главным источником бактериального загрязнения водоемов являются сточные воды населенных пунктов и промышленных предприятий, загрязненные бытовыми и производственными отходами, а также дождевые воды, уносящие из воздуха и с поверхности почвы большое количество микроорганизмов. Бытовые и производственные стоки содержат большое количество микроорганизмов и сами являются хорошей средой для их развития, поэтому вопросу очистки сточных вод должно уделяться пристальное внимание.

Питьевую воду и очищенные сточные воды можно обеззараживать путем хлорирования газообразным хлором, хлорной известью или другими хлорсодержащими соединениями, озонирования, облучения ультрафиолетовыми лучами.

В хлебопечении и производстве мучных кондитерских изделий вода применяется для технологических целей в процессе приготовления теста, сиропов и других полуфабрикатов; для хозяйственных нужд (мойка сырья, оборудования и помещений), а также для теплотехнических целей (для получения пара), необходимого для увлажнения воздушной среды в шкафах окончательной расстойки и пекарных камерах, для стерилизации оборудования и питательных сред и в других целях. Вода, используемая для технологических целей в хлебопечении и производстве мучных кондитерских изделий, должна отвечать требованиям ГОСТ 2874—82. Общее количество клеток бактерий — не более 100 в 1 мл, бактерий группы кишечной палочки — не более 3 в 1 л.