Микроорганизмы, как правило, не содержатся в крови, мышцах и во внутренних органах здоровых животных, имеющих высокую сопротивляемость организма. Об этом свидетельствуют данные микробиологических исследований продуктов убоя здоровых и отдохнувших животных, убитых и вскрытых с соблюдением правил стерильности. Между тем при убое животных в условиях мясокомбинатов получают продукты убоя (мясо, внутренние органы), которые содержат различное количество сапрофитных микроорганизмов (гнилостные бактерии, бактерии группы кишечных палочек, споры плесневых грибов, дрожжи, актиномицеть, кокковые бактерии и др.), а в отдельных случаях сальмонелл и других патогенных микроорганизмов.
Известны два пути обсеменения микроорганизмами органов и тканей животных: эндогенный и экзогенный.