Вода, как и почва, является естественной средой обитания многих видов микроорганизмов, которые составляют постоянную водную микрофлору, способную жить и размножаться в воде, участвовать в превращении азотистых веществ, серы, железа, самоочищении водоемов.
Непостоянная или случайная микрофлора попадает в водоемы из почвы во время дождей, из воздуха с оседающей пылью, а также с отбросами промышленных предприятий и сточными водами. Сточные воды — основной источник загрязнения открытых водоемов органическими веществами и микроорганизмами, среди которых могут быть и патогенные. Попадая с загрязненной водой в организм человека или животного, патогенные микробы вызывают инфекционные болезни. Для профилактики водных инфекций питьевую воду, а также сточные воды очищают и обеззараживают. Качество и эффективность обеззараживания воды контролируют по микробиологическим показателям. Вода, используемая для питья и в пищевой промышленности, должна удовлетворять установленным санитарным нормам.