Почва является хорошей средой для обитания микроорганизмов в связи с наличием в ней питательных веществ и влаги. Почва хорошо защищает их от влияния прямого солнечного света, высушивания.

В расчете на 1 г обсемененность почвы может составлять сотни миллионов клеток (глинистые, песчаные) и даже миллиарды (черноземы). Почвы удобряемых сельскохозяйственных участков могут содержать до 5-8 млрд. клеток. Во влажных нейтральных или слабокислых почвах микроорганизмы находят хорошие условия для размножения, и их там обычно много. В неблагоприятных по свойствам почвах — кислых, болотистых, сухих — микробов меньше.

Особенно обильно населены поверхностные слои (глубина 1-10 см), так как они постоянно обогащаются питательными веществами за счет отмерших растительных и животных организмов, сточных вод. В верхнем слое (до глубины 1-2 мм) микробов встречается меньше, чем в более глубоко расположенных горизонтах, из-за губительного воздействия прямого солнечного света, постоянных перепадов влажности и высушивания.

На глубине в несколько метров микробов значительно меньше из-за недостаточного количества органических питательных веществ и слабой аэрации. С глубиной не только снижается численность клеток, но и уменьшается число обитающих видов. Однако к на больших глубинах (в несколько метров) встречаются отдельные клетки микробов.

К видам типичных для почв относятся нитрифицирующие, денитрифицирующие, азотофиксирующие, целлюлозоразрушающие, серобактерии, пигментные гнилостные бактерии, плесневые грибы, актиномицеты, водоросли и др.

Из сапрофитных бактерий в почвах много аэробных слорообразующих, в том числе сенная, картофельная палочки, и анаэробных — из группы масляно-кислых и др.

Кроме того, в почвах могут оказываться патогенные микробы, попадающие туда с, трупами животных, отбросами (возбудители желудочно-кишечных заболеваний, пищевых отравлений (ботулизм), раневых инфекций и др.).

Болезнетворные бактерии, как правило, постоянно в почве не обитают, но при попадании в нее могут некоторое время сохраняться. Корни растений (своими выделениями), микробы-антагонисты, частые перепады влажности и температуры оказывают губительное действие на них, вызывая постепенное отмирание. Тем не менее, холерный вибрион, например, выживает в почвах от 1 до 26 недель. Споровые формы еще устойчивее — возбудители сибирской язвы, столбняка, ботулизма, газовой гангрены, попав в почву, сохраняются в ней годами, а в некоторых условиях активно в ней размножаются.

Пищевые продукты следует тщательно оберегать от загрязнения почвой, так как с ней могут попасть на продукты микробы, вызывающие порчу, или микробы, опасные для здоровья человека.

Из почвы микробы с пылью или с потоками дождевой или снеговой воды попадают в реки, озера и другие природные воды, в воздух. Таким образом, почва является первоисточником микробов в природных условиях.

Объективная оценка санитарного состояния почвы производится по результатам обнаружения в ней бактерий Е. coli (кишечная палочка); Сl. perfringens (клостридии пёрфрингенс), Sir. faecalis (фекальный стрептококк).