Охлаждение йогурта до температуры ниже 10 °С и поддержание этой температуры до поступления продукта потребителю способствует замедлению биологических и биохимических реакций, происходящих в йогурте. Биологические реакции имеют место вследствие метаболической активности закваски и возможных микробиологических загрязнений, т. е. наличия микроорганизмов, выдержавших тепловую обработку и сквашивание (остаточная микрофлора), или внесенных в продукт после его производства (например, вторичное обсеменение дрожжами и плесенями). К возможным биохимическим реакциям относятся:
• окисление жира в присутствии кислорода;

• гидратация белковой составляющей йогурта;
• изменение (ослабление) цвета фруктовых добавок, обусловленное наличием кислоты в продукте;
• некоторая дегидратация (внешний вид поверхности йогурта при этом может измениться);
• улучшение вязкости/консистенции йогурта при хранении из-за присутствия добавленных гидроколлоидов (стабилизаторов) и/или пектинов из фруктов.

Для сведения к минимуму некоторых из этих реакций необходимо охлаждение йогурта; при этом условии сохранность продукта вполне может составлять до трех недель со дня производства. В течение первых 24—48 ч холодильного хранения наблюдается улучшение физических характеристик сгустка, в основном вследствие гидратации и/или стабилизации казеиновых мицелл, в связи с чем может оказаться целесообразным
применение дополнительной выдержки продукта перед реализацией. 

Качество йогурта после его производства зависит от множества факторов, и чтобы к потребителю поступал продукт хорошего качества, желательно следовать определенным рекомендациям. Особенно важно соблюдение рекомендаций, касающихся гигиенических условий производства молока и других молочных продуктов, в том
числе йогурта, и включающих осуществление выборочного контроля критических контрольных точек (метод НАССР, см. о нем главу 10) и/или аналогичные системы контроля качества. Поэтому в соответствии с требованиями, предъявляемыми к режимам хранения, транспортировки, оптовой и розничной торговли, молочные продукты
делят на три категории:
• продукты, хранящиеся при температуре ниже —18 С (мороженое и родственные замороженные продукты);
• скоропортящиеся продукты с небольшим сроком хранения (например, пастеризованное натуральное молоко, сливки, йогурт, кисломолочные продукты, несоленые мягкие сыры, масло и нарезанные для продажи в розницу твердые и полутвердые сыры), которые должны храниться при температуре 0—10 С;
• такие продукты, как УВТ-молоко, молочные консервы и плавленый сыр, которые могут храниться при температуре окружающего воздуха (но ниже 30 С).

Поэтому рекомендуется хранить йогурт при 0—10 °С (при допустимом отклонении ±1 °С) и транспортировать его при той же температуре, но при допустимом отклонении ±2,5 °С. Однако для гарантии качества продукта большинство крупных производителей стремится хранить и транспортировать йогурт при температуре ниже 10 °С (см. [246,374]).