При подготовке молочной основы, на стадиях обработки, фасования, хранения и реализации качество йогурта (густого или перемешанного) зависит от ряда факторов. Для обеспечения потребителя качественным йогуртом необходимо учитывать следующие из них:
• уровень содержания белка в молочной основе; 
• параметры некоторых процессов (таких, как гомогенизация и тепловая обработка), а также (что используется довольно редко) добавление коагулянтов;
• добавление стабилизаторов;
• использование заквасок, продуцирующих экзополисахариды;
• нарастание кислотности и/или скорость кислотообразования;
• наличие в молоке ингибирующих веществ;
• возможное нарастание кислотности после окончания сквашивания (перекисание),
• термообработка после получения продукта (см. главу 5);
• механические воздействия (вибрация) при транспортировке в торговую сеть,
• механические воздействия на сгусток (см. главу 3);
• различные виды обработки — такие, как применение масел, заменителей жира или концентрирование после сквашивания (см. главу 5).