Дезинфекция жидкости может быть достигнута за счет ее фильтрования, однако для производства йогуртов особую значимость приобретает именно очистка воздуха. Воздушные фильтры, как правило, устанавливаются на участке
приготовления закваски, что позволяет очистить воздух от основного количества частиц пыли, бактерий, спор дрожжей и плесеней. Существуют также специальные фильтры, предназначенные для улавливания переносимых по воздуху бактериофагов. В дальнейшем стерильность помещения, в котором происходит заквашивание, обеспечивается за счет поддержания давления на уровне чуть выше атмосферного, чтобы при вскрытии помещений
(заквасочного участка, цеха по производства йогуртов и участка фасовки) находящийся под давлением воздух выходил наружу, предотвращая тем самым попадание неочищенного воздуха на стерильный участок.