Нагрев может сильно влиять на такие компоненты йогурта, как витамины и ферменты. В работе [308] на основе сравнения йогурта, подвергнутого термической обработке (ТЙ) и не подвергнутого термической обработке (НЙ) приведены следующие наблюдения:
• нагрев и холодильное хранение не влияют на содержание тиамина в обоих типах йогурта;
• потери витамина В₆ при хранении у ТЙ оказались больше, чем у НЙ (соответственно 85% и 50%);
• содержание фолиевой кислоты снизилось до следовых концентраций в ТЙ через 15 дней, а у НЙ подобное снижение произошло за 30 дней;
• содержание пантотеновой кислоты у ТЙ было изначально ниже на 70%;

• термообработка уменьшила активность ферментов протеазы, целлюлазы, амилазы и b-галактозидазы на 60%, 25%, 50% и 10% соответственно. 

Результаты определения микрофлоры закваски с помощью генных проб и ПЦР-анализа в подвергнутом термообработке густом натуральном йогурте зависели от типа примененной термообработки и различались для стрептококков и лактобацилл [544].

В йогурте весьма желательно наличие ферментов, особенно для потребителей с недостатком лактазы. Благодаря наличию активной b-галактозидазы йогурт не обладает присущим молоку отрицательным действием на людей с непереносимостью лактозы. Это подтверждается результатами контроля водорода в выдыхаемом воздухе у людей с непереносимостью лактозы после потребления йогурта, подвергнутого термической обработке. Запатентован процесс получения йогурта с длительным сроком хранения, в котором микроорганизмы заквасочной культуры после нагрева присутствуют в количестве 10⁶-10¹⁰ кое/мл. Для обеспечения выживания микроорганизмов использовался мутантный штамм L.delbrueckii подвида bulgaricus, у которого отсутствовал фрагмент ДНК, содержащий часть гена b-галактозидазы.

Другой метод пастеризации йогурта заключается в воздействии микроволновой техники, известной как система Баха. Его принцип заключается в быстром двухстадийном диэлектрическом нагреве йогурта в пластиковых
стаканчиках. На первой стадии применяется горизонтальный нагрев (микроволны низкой частоты с большой проникающей способностью), а на второй стадии — вертикальный (микроволны высокой частоты с малой проникающей способностью). Собственно пастеризация происходит при более низкой температуре, чем требуется
для обычного процесса. Обработка проводится при прохождении стаканчиков с йогуртом водяной бани. Эти стадии дополняют друг друга и необходимы для надлежащей пастеризации. Такая система приводит к разрушению дрожжей и плесеней, но не оказывает отрицательного влияния на белки молока или бактерии закваски. Сохраняемость йогурта увеличивается при этом до 4 - 6 недель при комнатной температуре. Кроме того, применение этого метода не требует добавления в йогурт специальных стабилизаторов. Дополнительные расходы на обработку в сопоставлении с увеличенным сроком хранения йогурта минимальны.