Культуры закваски для йогурта можно также сохранять в замороженном виде, и такие культуры производятся двумя различными способами:
• глубокое замораживание (ниже нуля) (от -30 до -80 °С);
• замораживание при сверхнизких температурах (-1 9 6 °С) в жидком азоте.

Натуральное стерильное молоко сразу после заквашивания активной культурой закваски глубоко замораживают до температуры от -30 до -40 °С для сохранения лабораторной или пересадочной культуры. Такие замороженные культуры могут сохранять свою активность в течение нескольких месяцев при температуре хранения - 40 С. Этот способ сохранения культур широко распространен в молочной промышленности, поскольку глубоко замороженные культуры, полученные в централизованных лабораториях, могут быть в нужный момент отправлены на молочное производство в сухом льду. Эти культуры фасуют в основном в пластмассовую тару. Процедура активизации этих
глубоко замороженных культур включает следующие этапы:

• извлечение закваски из морозильника (-40 °С); 
• быстрое размораживание закваски в водяной бане при 20 °С; 
• инкубация при 42 °С до достижения необходимой кислотности;
• охлаждение и хранение в течение ночи в холодильнике;
• пересадка для получения пересадочной лабораторной закваски, которая в дальнейшем используется для приготовления производственной закваски.

Другой способ глубокого замораживания культуры заключается в замораживании активной жидкой закваски при -4 0 °С. Культуру выращивают в непрерывно нейтрализуемой среде для оптимизации числа бактериальных клеток в миллилитре Затем бактериальная масса отделяется с помощью сепаратора и еще до расфасовки и замораживания снова создается суспензия клеток в стерильной среде, содержащей 

защитные вещества. Как указывалось выше, законсервированные культуры должны храниться при температуре от -3 0 до -4 0 °С и направляться на молочное производство в термоизолированных коробках, заполненных сухим льдом.

Процесс замораживания может привести к повреждению бактериальных клеток, особенно L.delbrueckii подвида bulgaricus, и поэтому с течением времени влияние ряда факторов может привести к снижению активности глубоко замороженных культур.

8.2.3.3 Температура замораживания и хранения

Хотя замораживание и хранение при -40 °С для консервирования микроорганизмов закваски оказывается весьма успешным, хранение при температуре от -80 до -100 ‘С в сжиженных парах азота повышает выживаемость микроорганизмов; кроме того, следует обращать внимание на скорость замораживания.

8.2.3.4 Эффект размораживания

Замораживание и размораживание могут повредить клеточную мембрану L.delbrueckii подвида bulgaricus и стимулировать чувствительность к NaCl и желчи. Также может быть повреждена аминокислотная транспортная система клеток, но подобные повреждения клеток обратимы, если они находятся в суспендированном виде в растворе пирувата, КН₂РО₄, и МgSO₄.

8.2.3.5 Прочие факторы

Разрушение клеток микроорганизмов при замораживании происходит в основном из-за увеличенной концентрации в клетке и в суспендирующей среде электролитов и других веществ, а не из-за механических повреждений в результате образования кристаллов льда. Увеличение концентрации электролитов'и других веществ в клетке
ведет к разрушению (денатурации) белковых компонентов и ферментов в ней, в то время как концентрация электролитов вне клетки ведет к дегидратации протоплазмы из-за диффузии воды через мембрану клеточной стенки. Кинетика замораживания и размораживания концентрированных клеточных биомасс молочнокислых бактерий описана в работе.

Замораживание в жидком азоте при сверхнизкой температуре (-196 °С) является наиболее удачным методом консервирования культур закваски. Достоинства подобного метода консервирования закваски: при таких низких температурах молекулы воды не образуют крупные кристаллы, и биохимические процессы внутри клеток прекращаются; в биологическом смысле бактериальная клетка находится в пассивном состоянии.

Цикл замораживания и размораживания по-прежнему рассматривается как наиболее важный фактор в успешном использовании в молочной промышленности замороженных культур.  Вместе с тем основными факторами, влияющими на активность консервированной культуры, могут быть тип среды культивирования, используемое нейтрализующее вещество и/или вещества (вещество) - криопротекторы.

Для поддержания активности закваски, консервированной при сверхнизких температурах, культуры нейтрализуют, концентрируют, расфасовывают и, наконец, замораживают.  Обычно концентрированную закваску фасуют в алюминиевые баночки емкостью 70 мл (объем, рекомендуемый для заквашивания 1000 л молока). Такие баночки снабжены кольцом, позволяющим легко их открывать. Меньшие количества культуры (например, 5 мл) могут быть расфасованы в полипропиленовые ампулы с навинчивающимся колпачком, не растрескивающиеся в жидком азоте. Может использоваться также ламинированный (слоистый) картон. Алюминиевые банки и полипропиленовые ампулы хранят в жидком азоте, а пакеты из картона - в специальном контейнере в атмосфере паров азота. Картонные пакеты используют также для расфасовки концентрированных замороженных культур закваски в виде гранул.

Эти разработки в области замораживания культур закваски йогурта в жидком азоте нацелены прежде всего на консервирование пересадочной культуры, предназначенной для получения производственной закваски.  Конечная же цель состоит в использовании таких культур для прямого заквашивания (DVS) молока в резервуаре для производства йогурта. Несмотря на то, что их использование может привести к некоторому увеличению продолжительности производственного процесса (более длительная лаг-фаза), этот метод обладает рядом преимуществ, в частности:

• он удобен;
• обеспечивает надежность культуры;
• увеличивает ежедневную производительность;
• улучшает баланс штаммов;
• более гибок;
• более эффективен в борьбе с бактериофагами;
• улучшает качество продукта.

На практике можно столкнуться со следующими недостатками указанного метода:
• слишком большая зависимость молочного производства от изготовителя закваски;

• отсутствие оборудования для работы с жидким азотом; в настоящее время изготовители закваски поставляют клиентам специальные контейнеры для транспортирования и хранения культур в жидком азоте;
• размытость ответственности в случае непригодности закваски;
• естественное нежелание молочной промышленности внедрять новую технологию вместо имеющейся, дающей удовлетворительные результаты;
• увеличение продолжительности изготовления йогурта.

Крайне важно размораживать замороженные культуры и обращаться с ними в соответствии с рекомендациям поставщика. Типичная подобная процедура состоит в том, чтобы:
• извлечь баночку из жидкого азота;
• разморозить ее в течение 10 мин при 20 °С в воде, содержащей 100-200 мкг/г раствора гипохлорита;
• когда культура частично разморожена (содержимое начало размягчаться), извлечь баночку из воды, открыть крышку и добавит  непосредственно в резервуар для приготовления производственной закваски.

Культуры закваски для йогурта поставляются в разном виде, и в зависимости от способа консервирования количество жизнеспособных клеток может несколько варьировать.