Нет сомнения в том, что находящиеся в толстой кишке бактерии выделяют фенолсодержащие соединения, такие, как скатол и индол, которые могут повреждать живую ткань. Оказывают ли эти соединения определенное влияние на стенку кишечника, могут ли поглощаться ею, зависит от их концентрации, от способности компонентов кишечной
стенки (таких, как гидроколлоиды), поглощать их и от времени их пребывания в кишечнике. Вместе с тем доказано, что некоторые из фенолсодержащих соединений способны инициировать рак толстой кишки. Любой процесс, который угнетает образование этих веществ, мог бы быть благоприятным для организма. Одним из них может быть действие молочной кислоты, подавляющей рост и метаболизм гнилостных бактерий. Желчь, разумеется, в значительной степени нейтрализует молочную кислоту йогурта, и все-таки предположение, что йогурт может хотя бы немного изменить рН в кишечнике в кислую сторону, почти не вызывает сомнений. Если это изменение рН действительно происходит, оно могло бы послужить обоснованием для предположения Мечникова, причем необходимо отметить, что традиционные болгарские кисломолочные продукты наверняка были очень кислыми.

Йогурту приписывают также действие, понижающее уровень холестерина в крови. Причина такого влияния не ясна, но факт, что йогурт более активен в этом отношении, чем неферментированное молоко, наводит на мысль, что некоторые ферментные системы или вещества бактериального происхождения могут участвовать в этом процессе. Предполагается, что гидроксиметилглютарат, один из метаболитов бактериальных культур закваски, может ограничивать синтез холестерина.

В опытах на мышах и крысах было отмечено, что потребление живого или пастеризованного йогурта ингибирует рост некоторых типов опухолей. Было высказано предположение, что ответственным за этот эффект мог бы быть фактор, присутствующий в бактериальной клетке. Прослеживается ли подобная закономерность у людей —
предмет дальнейшего изучения, но и игнорировать положительное действие йогурта в таком важном вопросе, разумеется, невозможно. 

Регулярному потреблению йогурта приписывают и восстановление нормальной микрофлоры кишечника. Предполагается, что из подвергающихся лизису клеток бактериальной закваски высвобождаются витамины и другие факторы роста, которые способствуют росту и развитию L.acidophilus в тонком кишечнике. Проведены и клинические испытания в поддержку этой идеи, которые нельзя, однако, считать статистически достоверными. К концу 1980-х гг. группой Е20 Международной молочной федерации (ММФ) был сделан обзор данных по пищевой ценности йогурта, который позволил сделать следующие выводы:

• некоторые имеющиеся в литературе данные нельзя считать достоверными, поскольку они базируются на методически неверно поставленных экспериментах и статистически недостоверны;
• данные, полученные in vitro, не всегда подтверждаются данными, полученными in vivo, а данные, полученные на животных, не могут быть применены непосредственно к человеку;
• имеются трудности в обобщении результатов, полученных на большом количестве штаммов разных типов микроорганизмов.

Вместе с тем отмечается и существенный прогресс в изучении этого вопроса.