При периодическом контроле санитарно-гигиенического состояния предприятий по производству молочных продуктов и при вспышках инфекционных заболеваний используют прямые методы обнаружения патогенных микроорганизмов, анализ проводится в лабораториях государственных органов надзора.

Обнаружение возбудителей заболеваний в пищевых продуктах осложняется Контаминацией сопутствующей микрофлорой. На общем микробном фоне количество патогенов может быть незначительным, поэтому их прямое культивирование становится невозможным. Поэтому традиционные методы бактериологического анализа пищевых патогенов предполагают выполнение следующих основных этапов:

• восстановление, накопление клеток в неселективной среде (посев 25 г продукта в 225 мл бульона при определении сальмонелл);
• накопление в жидкой селективной среде с ингибиторами роста сопутствующей микрофлоры;
• пересев на дифференциально-диагностические агаровые среды для выявления специфических колоний;
• исследование культуральных, морфологических и тинкториальных свойств выделенной чистой культуры;
• подтверждение видовой принадлежности культуры с использованием молекулярно-генетических и иммунологических методов.

К широко применяемым молекулярно-генетическим методам относятся гибридизация ДНК, которая основана на взаимодействии комплементарных цепей со специфическими зондами, и полимеразно-цепная реакция (ПЦР), включающая следующие основные этапы:

• подготовка (выбор целевых генов, подбор праймеров);
• обогащение, экстракция, сепарирование образца;
• амплификация (термоциклирование, изотермальное инкубирование);
• анализ продуктов амплификации гель-электрофорезом, мечеными зондами, гибридизацией, секвенированием и т. д.

Среди иммунологических методов чаще всего используется серологическая диагностика и иммуноферментный анализ.

Серологическая диагностика - это изучение взаимодействия антител сыворотки крови и микробных антигенов. Например, для определения листерий применяются реакции непрямой агглютинации эритроцитарным антигенным диагностикумом и реакции связывания комплемента с инактивированным цитоплазматическим антигеном.

Иммуноферментный анализ (ИФА) - определение комплекса антиген - антитело за счет введения ферментативной метки с последующей ее детекцией с помощью субстрата, изменяющего окраску. Например, для определения энтерогеморрагической кишечной палочки, листерий, золотистого стафилококка применяется твердофазная ИФА (сэндвич-метод, при котором антиген заключен между двумя слоями антител).

К современным методам диагностики патогенов относится фаготипирование (лизотипирование, фаготипаж) - метод дифференциации бактерий путем изучения свойств их умеренных фагов и по чувствительности к набору специфических бактериофагов.