В сыром молоке присутствуют микроорганизмы разных таксономических групп: дрожжи, плесени, вирусы (бактериофаги, инактивирующие полезную заквасочную микрофлору) и бактерии. Общее содержание бактерий в молоке обусловлено рядом факторов, к главным из которых относят: санитарно-гигиенические условия получения и хранения молока, температуру хранения и транспортирования молока.

Источники обсеменения молока делят на эндогенные (внутренние) и экзогенные (внешние).

Эндогенные источники обсеменения: микрофлора молочной железы, микроорганизмы-комменсалы (энтерококки, микрококки, Иногда маститные стрептококки, коринебактерии и др.). Эндогенное обсеменение молока вымени может происходить также при маститах, септических инфекционных болезнях, травмах и воспалительных процессах соскового канала и вымени.

Молоко свежевыдоенное никогда не бывает стерильным, оно содержит от нескольких сотен до тысяч бактерий в 1 см. Эти микроорганизмы попадают в молоко непосредственно из соскового канала молочной железы - это нормальная бактериальная флора молока, которая представлена микроорганизма- ми-эпифитами, обитающими на растениях. Они не опасны для здоровья человека. Однако большое количество этих микроорганизмов в молоке приведет к его быстрой порче, поэтому рекомендуется проводить сдаивание первых струек молока в отдельную посуду. При этом удаляются микробные пробки соскового канала и уменьшается микробное обсеменение молока.

Основные представители нормальной микрофлоры сырого молока: сапрофитные микроорганизмы, относящиеся к молочнокислым бактериям и коккам: молочнокислый стрептококк (Lactococcus lactis), сливочный стрептококк (Lactococcus cremoris), термофильный стрептококк (Streptococcus thermophilus). Комменсалами вымени могут быть молочнокислые палочки рода Lactobacterium  - Lactobacterium plantarum (представитель эпифитной микрофлоры растений).

В выводных протоках вымени могут обитать: Ent. liquefaciens (энтерококк), представители семейства Micrococcaceae, представители бактерий рода Corynebacterium. Названные микроорганизмы могут постоянно встречаться в сыром молоке, поэтому их считают представителями нормальной микрофлоры молока.

Обсеменение сырого молока под действием эндогенных факторов еще называют секреторным обсеменением молока.

Экзогенные источники обсеменения: кожа животного, подстилочные материалы, корма, воздух, вода, доильная аппаратура и посуда, кожа и одежда работников молочной фермы. Обсеменение сырого молока под действием экзогенных факторов называют постсекреторным обсеменением молока.

Кожа животного, особенно вымени. Молочная пленка, образующаяся в процессе доения между кожей сосков и доильными стаканами, наличие на коже грубых и мелких складок создают благоприятные условия для развития микрофлоры. Для предупреждения загрязнения молока необходима мойка и дезинфекция вымени перед дойкой. На 1 см² поверхности вымени должно быть менее 10 микроорганизмов.

Подстилочные материалы. Подстилочные материалы из соломы и сена являются источником загрязнения кожного покрова животного, а затем и молока кишечными палочками, маслянокислыми бактериями, энтерококками, гнилостными спорообразующими дрожжами, плесенями, молочнокислыми бактериями и др. Нельзя использовать в качестве подстилки торфяную крошку.

Корма. В свежескошенной траве больше молочнокислых бактерий, в грубых кормах - гнилостных спорообразующих аэробных бацилл. В кормах содержатся также пропионовокислые, уксуснокислые бактерии, актиномицеты, дрожжи и др. Кормление коров прокисшим или смешанным с землей кормом, плохим силосом или кислой бардой в сочетании с имеющимися недостатками в гигиене содержания животных ведет к загрязнению молока маслянокислыми и другими бактериями, поэтому корма должны быть качественными.

Воздух. Качественный состав микрофлоры воздуха представлен чаще всего микрококками, сарцинами, клетками дрожжей и спорами плесеней. Необходимо исключить запыление воздуха сухими кормами.

Вода, отвечающая требованием ГОСТ на питьевую воду и применяемая для мытья молочной посуды и аппаратуры, содержит незначительное количество микроорганизмов. Вода открытых водоемов или загрязненная вода содержит флюоресцирующие палочки, кокковую микрофлору, кишечные палочки, гнилостные бактерии и др. С целью предупреждения загрязнения молока посторонней микрофлорой вода должна соответствовать нормам питьевой воды.

Доильные установки, резервуары для хранения являются основным источником заражения молока психротрофными бактериями, преимущественно псевдомонадами. Психрофильные микробы размножаются в молочно-водной среде на плохо вымытых и дезинфицированных установках, находясь в активной фазе размножения. В плохо вымытой и непросушенной аппаратуре размножаются также молочнокислые бактерии, кишечные палочки, микрококки, гнилостные микроорганизмы и др. Меры предупреждения загрязнения молока - мойка и дезинфекция установок и резервуаров.

Кожа и одежда работников фермы могут стать источником обсеменения молока возбудителями различных заболеваний: кишечными палочками, стафилококками, стрептококками и др. Работники ферм, соприкасающиеся с молоком, должны соблюдать правила санитарии и гигиены.

Чем выше бактериальная обсемененность сырого молока, тем большая вероятность присутствия в нем патогенных и других микроорганизмов, которые могут привести к выработке нестандартных молочных продуктов.