Микроорганизмами-индикаторами вторичного заражения считают уксуснокислые бактерии ролов Acetobacter и Gluconobacter, которые образуют слизистые капсулы. Эти капсулы защищают микроорганизмы, инфицирующие пиво, от высыхания и действия дезинфектантов. В частности, под прикрытием этих капсул развиваются молочнокис­лые бактерии. Кроме того, в них могут размножаться такие облигатные анаэробы, как Pictinatus и Megasphaera, которые потребляют молочную кислоту, образуемую молоч­нокислыми бактериями. Развитию этих анаэробов способствует также повышение рН, вызванное автолизом клеток. К микроорганизмам-индикаторам вторичного зараже­ния также относят дрожжи рода Candida, Hansenula, Pichia, Brettanomyces, Rodotorula и плесневые грибы Aureobasidium, Geotrichum и многие другие.