Почва является главным источником распространения микроорганизмов, поскольку они находят наиболее оптимальные условия для развития: много питательных веществ, достаточное количество влаги, защиту от губительного воздействия прямых солнечных лучей и от резких перепадов температуры. В почве находится большое количество микроорганизмов, принимающих участие в процессах, связанных с круговоротом веществ в природе.

Микроорганизмы играют большую роль в процессах образования и обогащения почв, влияют на их плодородие. Наибольшее количество микробов встречается в почвах, где содержится много органических остатков (в пахотных, удобряемых перегноем и влажных почвах). В глубине слоя почвы микроорганизмы распространены неравномерно, больше всего их на глубине нескольких сантиметров от поверхности, где много остатков животных и растений.

Среди почвенных микроорганизмов встречаются термофилы, мезофилы, психрофилы; автотрофы и гетеротрофы; аэробы и анаэробы. Микроорганизмы почвы представлены бактериями, микроскопическими грибами и дрожжами. Наиболее распространены бактерии, которые участвуют в процессах разложения и гниения органических веществ (остатков растений и животных) в почве. Микроорганизмы могут сохраняться в почве длительное время, особенно при низкой температуре и в высушенном состоянии.

В почве встречаются и болезнетворные микроорганизмы, которые являются возбудителями ботулизма, столбняка, газовой гангрены и других заболеваний. С целью предотвращения тяжелых заболеваний, вызываемых микроорганизмами почвы, работники пищевой промышленности не должны допускать загрязнения почвой сырья, полуфабрикатов и готовой продукции. С другой стороны, в связи с тем что большое количество вредных микробов развивается при попадании отбросов в почву, нельзя допускать загрязнения ими территории пищевых предприятий, так как это усиливает опасность возникновения инфекционных заболеваний, особенно кишечных, и создает угрозу микробиологической порчи готовой продукции.