В молоке уже в момент выхода из вымени содержится определенное количество микробов.
Обсеменение молока микроорганизмами при его получении происходит за счет микрофлоры вымени и внешних источников: кожи животного и подстилочных материалов, кормов, воздуха, воды, аппаратуры и посуды, рук и одежды работников молочной фермы. Все перечисленные источники по количественному и качественному составу вносимой микрофлоры неодинаковы.
Вымя животного. Молоко образуется в молочной железе из веществ, приносимых с кровью. Кровь здорового животного стерильна и только у животных, больных инфекционными болезнями, из крови в молоко могут попадать возбудители этих болезней. При мастите (воспалении вымени) в молоке, находящемся в вымени, содержится большое количество микроорганизмов, в частности, гноеродных и токсигенных стафилококков. В вымени здоровых животных единичные клетки микроорганизмов встречаются уже в железистой его части; в выводных протоках и цистернах они находятся постоянно в значительном количестве, а вблизи входного отверстия соска — в наибольшем количестве. У входа в сосковый канал образуется «бактериальная пробка» вследствие размножения и накопления микробов в молоке оставшемся от предыдущей дойки.
Для специальных целей можно получить так называемое асептическое молоко, в котором присутствуют только микроорганизмы вымени.
В 1 мл асептического молока содержится небольшое количество бактерий: несколько сот или 1-2 тыс. Это те бактерии, которые адаптируются к бактерицидному действию молока и тканей вымени и, находясь в молочных протоках и цистернах, не только не погибают, но даже размножаются. Такими микробами — комменсалами вымени являются микрококки, иногда — маститные стрептококки и энтерококки (Str. liquefaciens). Другие микроорганизмы, проникающие в небольшом количестве в вымя извне через входное отверстие соска, погибают в нем. При небрежном уходе за животными (плохая чистка кожи вымени) много микроорганизмов поступает во внутренние полости вымени извне и количество бактерий в молоке, получаемом в асептических условиях, увеличивается; в нем кроме микрококков и стрептококков могут встречаться бактерии группы кишечных палочек, гнилостные бактерии и др.
Хорошие зоогигиенические условия содержания коровы ограничивают как количественный, так и видовой состав микрофлоры вымени.