Микрофлора сладко-сливочного масла состоит из остаточной микрофлоры сливок после пастеризации и микроорганизмов, попадающих в масло в процессе выработки. Она представлена молочнокислыми бактериями, микроскопическими грибами, спорообразующими бактериями родов Bacillus и Clostridium, психрофильными бактериями рода Pseudomonas и др. Количество микроорганизмов в масле должно составлять от нескольких сотен до 105 КОЕ в 1 г.
В процессе хранения сладко-сливочного масла в условиях высокой температуры (15°С и выше) возрастает содержание микроорганизмов, максимальное их количество достигает через 5 дней. При дальнейшем хранении количество микроорганизмов может снижаться.
При хранении масла при низких положительных температурах (до 5°С) повышение количества микроорганизмов в масле происходит в основном за счет развития психрофильных протеолитических бактерий, микрококков, дрожжей, микроскопических грибов.
Хранение сладко-сливочного масла при низких отрицательных температурах (ниже -11°С) приводит к прекращению микробиологических процессов и отмиранию микроорганизмов в масле.
Микрофлора кисло-сливочного масла состоит в основном из микрофлоры закваски. Закваска для кисло-сливочного масла содержит кислотообразующие лактококки Lac. lactis, Lac. cremoris, а также ароматообразующие лак- тококки Lac. lactis subsp. diacetilactis.
При хранении кисло-сливочного масла независимо от температуры хранения происходит отмирание заквасочной микрофлоры. При температуре 15°С этот процесс протекает быстрее, чем при более низких температурах. При хранении масла в условиях низких отрицательных температур (ниже - 11°С) через 6-9 мес. отмирает 95-98% молочнокислых бактерий.