Микроорганизмы широко распространены в природе. Микроорганизмы обитают в огромном количестве в воздухе, воде и в почве. Это объясняется большой скоростью размножения, малыми размерами, неприхотливостью и высокой приспособляемостью к условиям внешней среды.

На распространение микроорганизмов в природе оказывают влияние географические и климатические условия. В местах с теплым и влажным климатом количество микроорганизмов больше и их состав разнообразнее, чем в холодных климатических зонах.

В зависимости от среды обитания все микроорганизмы можно разделить на три группы: сапрофиты (находятся в основном в почве), эпифиты (находятся на поверхности живых растений), паразиты (живут в клетках хозяина).