Количественный состав микрофлоры молока зависит от способа и санитарно-гигиенических условий его получения. Так, при ручной дойке, если выполняются требования санитарных правил, в 1 мл молока при его получении содержится несколько тысяч бактерий (не более 10 тыс.), а при несоблюдении этих правил — десятки и сотни тысяч микробов.
При машинной дойке в условиях тщательного ухода за доильной установкой, посудой и при соблюдении правил получения молока количество микробов можно снизить до нескольких тысяч в 1 мл и получить молоко, приближающееся к асептическому; однако при неудовлетворительном уходе за доильной установкой она может стать обильным источником микрофлоры, и количество микробов при этом достигнет сотен тысяч в 1 мл.
Качественный состав микрофлоры молока тоже зависит от условий его получения. Так, в свежем чистом молоке, полученном при машинном способе доения с соблюдением санитарно-гигиенических правил, преобладают микрококки; в небольшом количестве присутствуют молочнокислые бактерии (в их числе энтерококки). В загрязненном молоке в значительном количестве содержатся микрококки, кишечная палочка, энтерококки, гнилостные бактерии, маслянокислые, молочнокислые бактерии, дрожжи и плесени, а иногда и патогенные микроорганизмы. Развитие же микробов в молоке резко снижает его пищевую ценность, способствует накоплению патогенных и токсигенных микроорганизмов и их токсинов, вследствие чего молоко может стать опасным в эпидемиологическом отношении.