В первой работе, посвященной бактериологическому исследованию йогурта, описано три различных вида микроорганизмов, а именно диплострептококк, Lactobacillus в форме палочек/кокков и Lactobacillus в форме палочек. Можно считать, что своей популярностью йогурт обязан Мечникову, который выдвинул теорию о том, что молочнокислые бактерии, известные как Bulgarian bacillus, попадая в организм человека вместе с пищей, способствуют продлению жизни. Предполагалось, что присутствие этого микроорганизма в йогурте подавляет рост гнилостной микрофлоры кишечника.

Bulgarian bacillus — это, фактически, Thermobacterium bulgaricum, позже названная Lactobacillus bulgaricus. В настоящее время она известна как L.delbrueckii подвида bulgaricus. Однако было обнаружено, что Thermobacterium acidophilin
(L.acidophilus) является молочнокислой бактерией, которая способна приживаться в кишечнике, и, более того, основные лечебные свойства йогурта проявляются в случае, если L.acidophilus входит в состав закваски. Классификация молочнокислых бактерий по Орла-Йенсен, в соответствии с которой бактерии сферической формы относятся к стрептококкам (Streptococcus), а палочковидные - к термобактериям (Thermobacterium), стрептобактериям (Streptobacterium) и бета-бактериям (Betabacterium) и в настоящее время считается стандартной для определения этих микроорганизмов. По этой классификации, микроорганизмы закваски для йогурта — это термофильные молочнокислые бактерии, способные к росту при 40-45 ^oС. Эти микроорганизмы называли Thermobacterium bulgaricum, Thermobacterium jugurti (Lactobacillus jugurti) и Streptococcus thermophilus.