Поскольку расщепление лактозы происходит внутри клетки микроорганизма, ключевым этапом этого метаболического пути является поступление лактозы в клетку. В лактококках и некоторых штаммах L.acidophilus в транспорте лактозы участвует специальная система, и сахар фосфорилируется с помощью фосфоенолпирувата (ФЕП) во время транслокации с помощью ФЕП-зависимой фосфотрансферазной системы (ФТС). Этот механизм известен как ФЕП:ФТС (РЕР.РТ5). В переносе лактозы снаружи в цитоплазматическую мембрану и в клетку микроорганизма для превращения в фосфат лактозы участвуют четыре белка (последовательно: фермент II, III, I и НРr). Лактозо-6-фосфат гидролизуется b-фосфогалактозидазой) на его моносахаридные компоненты. Галактоза и глюкоза затем катаболизируется через тагатозный путь и путь Эмбдена—Мейергофа—Парнаса (ЕМР) соответственно. Возможно дефосфорилирование галактозы, и в этом случае она не усваивается и выводится из клетки микроорганизма. В обоих случаях глюкоза и галактоза превращаются в дигидроксиацетон-фосфат и глицеральдегид-3-фосфат, где трехуглеродные сахара окисляются дальше до фосфоенолпирувата, а затем образуют молочную кислоту.

Гомоферментативное молочнокислое брожение с помощью S.thermophilus и L.delbrueckii подвида bulgaricus и L.acidophilus, протекающее по пути Эмбдена-Мейергофа, характерно в основном для расщепления глюкозы. Альтернативная система транспорта лактозы в клетки этих культур заквасок (а также подвидов Bifidobacterium) включает цитоплазматические белки (пермеазы), которые перемещают лактозу без  модификации химической структуры. Такой механизм транспорта сахара может быть подобен системе пермеазы лактозы в Езскепскга соН. После поступления лактозы в клетку с помощью пермеазы в виде нефосфорилированного дисахарида она гидролизуется b-галактозидазой до нефосфорилированной глюкозы и галактозы. Глюкоза катаболизируется до пирувата, а галактоза выделяется из клетки. После того, как глюкоза исчерпана, S.thermophilus и L.delbrueckii подвида bulgaricus и L.acidophilus используют галактозу по пути Лелюара с галактокиназой в качестве первого феррита метаболического пути. Было высказано предположение, что некоторые штаммы могут усваивать галактозу только когда присутствуют низкие (4 мМ) концентрации лактозы; это может быть обусловлено антипортной протонной движущей силой (антипорт — согласованный перенос двух растворов через мембрану в противоположных направлениях) транспортной системы, включающей галактозу. 

Таким образом, выяснено, что метаболизм углеводов у S.thermophilus не такой, как у лактококков.