Протеолиз в сыроделии — это важный фактор при выборе штаммов бактерий для заквасок, однако в производстве кисломолочных напитков протеолитическая активность используемых штаммов может иметь второстепенное значение. Тем не менее, хотя культуры закваски для йогуртов и биопродуктов считаются слабо протеолитическими, S.thermophilus и L.delbrueckii подвида bulgaricus могут в ходе ферментации вызывать значительную степень протеолиза, и эта активность может быть важной по следующим причинам:

• ферментативный гидролиз белков молока ведет к образованию пептидов различных размеров и свободных аминокислот, что может влиять на формирование геля и механическую структуру йогурта;
• наличие свободных аминокислот в молоке необходимо для роста S.thermophilus;
• аминокислоты и пептиды могут, не внося непосредственного вклада во вкус йогурта, выступать в роли предшественников множества реакций, в которых образуются вкусовые вещества;
• высвобождение так называемых функциональных пептидов влияет на питательные свойства продукта.

Спектр продуктов, высвобождаемых при протеолизе, зависит от двух основных факторов: во-первых, от фракционного состава белков молока и во-вторых, от видов протеолитических ферментов, выделяемых микроорганизмами йогурта и биопродуктов.