Основным ингредиентом для большинства сортов йогурта является цельное или обезжиренное молоко, и поэтому качество молока, поступающего на предприятие, очень важно. Методы отбора проб молока различны в зависимости от размеров предприятия, однако важно, чтобы исследуемые образцы правильно отражали качество всей
поступившей партии.

Объем контроля зависит от значимости той или иной технологической операции. В случае, если молоко прставляется на предприятие в цистернах, считается, что поставщик должен обеспечить соответствие данной партии согласованной спецификации.

Подсчет общего количества колоний микроорганизмов целесообразно применять для оценки качества работы предприятия («на выходе») — в этом случае финансовые санкции могут быть увязаны с качеством продукции. Молоко же требуется перерабатывать задолго до того, как становятся известны результаты анализа. В связи с этим
широко используется метод с применением эпифлюоресцентного фильтра, с помощью которого результаты подсчета колониеобразующих единиц можно получить в течение 20 минут или выявить и подсчитать дрожжевые клетки. 

Широкое использование автоматизации дает возможность анализировать и химический состав поступающего на предприятие молока (об этом см. ниже), однако обязательно следует проводить определение ингибирующих веществ.

Это вызвано тем, что хотя небольшие колебания в химическом составе и могут влиять на качество конечного продукта и на экономические показатели технологического процесса, наличие в молоке антибиотиков может привести к полному нарушению последнего.

Накопление кислоты также может использоваться в качестве несложного, пусть и более медленного, способа контроля процесса ферментации молока при производстве йогурта (в качестве альтернативы - биолюминесценция АТФ). С учетом вышесказанного маловероятно, что какой-либо из указанных новомодных методов может заменить уже имеющиеся на рынке системы технохимконтроля.