Данные по протеолитической активности S.thermophilus и L.delbrueckii подвида bulgaricus, показывают, что эти микроорганизмы обладают различными экзопептидазами и пептидазами.

S.thermophilus продемонстрировали большую экзопептидазную активность, чем L.delbrueckii подвида bulgaricus, и ограниченную эндопептидазную активность. Способность L.delbrueckii подвида bulgaricus гидролизовать

казеин подтверждает, что у лактобацилл эндопептидазная активность значительно выше. Такая картина дает дополнительное подтверждение отношений ассоциативного роста, существующих между S.thermophilus и L.delbrueckii подвида bulgaricus. Таким образом, благодаря эндопептидазной активности L.delbrueckii подвида bulgaricus происходит гидролиз казеина с образование полипептидов. которые в свою очередь разрушаются экзопептидазами S.thermophilus с выделением аминокислот.

Картина катаболизма казеина микроорганизмами йогурта, который в основном приписывают активности 
эндопептидазы, может меняться. Ограниченность имеющихся данных по гидролизу казеина затрудняет их обобщение, но увеличение протеолитической активности мутантных штаммов L.delbrueckii подвида bulgaricus после воздействия у-облучения, рентгеновского облучения, УФ-облучения или воздействия химическими мутагенами указывает на то, что различия между обычными штаммами может вести к наблюдаемым вариациям в гидролизе казеина. Хотя мутантные штаммы L.delbrueckii подвида bulgaricus с увеличенной протеолитической активностью специально для производства йогурта не отбирались, эта активность желательна на ранних стадиях созревания некоторых видов сыра (типа швейцарского).