Эти ферменты (энзимы), как предполагает их название, специфичны по своему действию, и их основной функцией является катализ гидролитического расщепления пептидных связей, которые образуют основу молекулы белка.

Ферменты, действующие на пептидные связи, известны как пептидные гидролазы, и к настоящему времени идентифицировано довольно много таких ферментов. В прошлом наименование, даваемое ферменту, происходило от используемого субстрата, но этот подход породил такую путаницу в энзимологии, что для выработки универсальной классификации, применимой для ферментов и коферментов, был организован отдельный комитет Международного союза по биохимии и молекулярной биологии.

В сообщении этого комитета дается следующая схема классификации и нумерации ферментов:

• первое число после сокращения «ЕС» (классификация фермента, enzime classification) указывает, к какому из шести основных классов принадлежит данный фермент;
• второе число указывает подкласс;
• третье число дает подподкласс;
• четвертое число — это порядковый номер фермента в его подподклассе.

Недопустимо применение термина пептидазы в качестве синонима термина пептидные гидролазы для всей группы ферментов, которые гидролизуют пептидные связи. Это отход от сведения термина пептидазы к ферментам, включенным в подподклассы экзопептидаз, а термин протеиназа был заменен термином эндопептидаза.  Возможно, эта система будет со временем принята многими, поэтому в данном тексте в соответствии с новой схемой используются термины эндопептидазы и экзопептидазы.